蛋白質相互作用是指兩個或兩個以上蛋白質分子通過非共價鍵形成蛋白質復合物的過程。如復制、轉錄、翻譯、細胞周期調控、物質代謝等。
常見的研究方法有：
酵母雙雜交技術、免疫共沉淀、親和層析、細胞內共定位分析。
以下是對免疫共沉淀技術（co-immunoprecipitation,co-IP）進行總結，co-IP常用來檢測兩種蛋白質在體內是否結合。
基本原理：
在保證兩種蛋白質相互作用的條件下，收集并裂解細胞。在細胞裂解液中加入某一種已知蛋白的特異性抗體，孵育后再加入可與特異性抗體結合的蛋白A/G-瓊脂糖珠（或磁珠）沉淀收獲抗原抗體復合物，若細胞中存在與已知蛋白結合的目標蛋白，則可被磁珠沉淀下倆，形成“目標蛋白-已知蛋白-抗已知蛋白抗體-磁珠"復合物。經SDS-PAGE后，復合物可被分離，再經免疫印跡或質譜鑒定出目標蛋白。
優勢：
① 得到的蛋白質相互作用是在細胞內天然形成的，反映的是細胞的生理狀態；
② 可以分離得到天然狀態的蛋白質復合物。
劣勢：
① 可能檢測不到低親和力的瞬時蛋白質-蛋白質相互作用；
② 不能證明兩種蛋白質的直接結合，其他分子可能起到橋梁作用；
③ 依賴于高質量的、可用于免疫沉淀的特異性抗體。
不同類型的免疫共沉淀技術
1、二次免疫共沉淀技術：用來檢測細胞內三種蛋白質間的相互作用，若要證明X、Y、Z三種蛋白質間是否以復合物形式存在，首先在細胞裂解液中加入抗X蛋白質抗體，免疫沉淀獲得抗原抗體復合物，經過非變性洗脫后，向此復合物溶液中加入抗蛋白質Y的抗體，再收集免疫復合物進行SDS-PAGE分析。
2、蛋白質降解抑制-免疫共沉淀：若兩種蛋白質結合后，其中一種會降解，則會影響IP實驗結果，故需要抑制細胞內蛋白質降解。
① 對于通過溶酶體途徑降解的蛋白質，可以加入NH4Cl或氯喹改變細胞內酸性環境，抑制這類蛋白質降解。
② 對于通過泛素-蛋白酶體途徑降解的蛋白質，可用MG132抑制，該試劑對細胞有毒性，故作用時間不能太久。
3、核質分離-免疫共沉淀：體內的許多蛋白質是在細胞質和細胞核之間穿梭的，研究時有時會出現時空問題。故先利用核質分離技術得到細胞核或細胞質完整的組分。
4、交聯免疫共沉淀：能夠使已經結合在一起的蛋白質更加穩定。避免結合能力弱或瞬時結合的蛋白質在實驗過程中降解。
